美吉生物

基因表達調控 非編碼RNA miRNA測序

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     Small RNA是一大類調控分子,幾乎存在于所有的生物體中。Small RNA包括:miRNA、ncRNA、siRNA、snoRNA、piRNA、rasiRNA等。Small RNA有多種多樣的作用途徑,包括mRNA降解、翻譯抑制、異染色質形成以及DNA去除,來調控生物體的生長發育和疾病發生。 

Small RNA測序正是對這一類重要的調控小RNA—特別是microRNAmiRNA展開分析,利用高通量測序平臺,對樣本中富集到的18-32 nt的小RNA片段進行測序,對獲得的有效數據進行序列長度分布統計,將篩選后的高質量序列分類注釋,獲得樣品中包含的各組分及表達量信息,實現small RNA序列的鑒定、靶基因分析和功能注釋等多項分析,滿足客戶對包含miRNAsiRNApiRNA等多種small RNA類型的分析研究需求。


適用范圍


醫口方向:疾病發生調控機制研究、尋找生物標記、靶向藥物研究等;

農口方向:動植物生長發育調控研究、抗病抗逆調控研究、生物性狀及突變調控研究等。


美吉優勢


(1)物種適應度廣,送樣起始量低

(2)miRNA鑒定及靶基因預測精準全面

(3)高級分析實用性強,直擊科研熱點

(4)經驗豐富,實驗流程成熟,數據可靠


實驗流程

       

生信分析流程


技術參數


樣本要求

動物:≥1 g

植物:≥2 g

真菌:菌絲或者菌體稱重(每管200 mg),≥3

外泌體沉淀>15 μL/管,4

血漿:250 μL/管,3

血清:250 μL/管,3

全血:≥ 2 mL

細胞: 5×106 cells

RNA要求

small RNA建庫:≥2 μg200 ng/μL;微量建庫RNA總量低至10 ng

外泌體small RNA建庫:>2 ng0.2 ng/μL,體積>5 μL

建庫測序

SMART技術建庫,Illumina SE75測序

數據量

10M raw reads

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論壇

案例一:miRNAs南國梨冷藏后貯藏期間香氣減弱中的重要作用


南國梨采后普遍采用冷藏延緩衰老。然而,這種技術也會導致水果香氣減弱。microRNAs是轉錄后水平上基因表達的調節因子,在植物發育和誘導對非生物環境脅迫的反應中起著重要作用。本研究利用small RNA測序分析獲得了果實在冷藏第一天以及在室溫和冷藏后貯藏期間的最佳品嘗期的miRNA轉錄產物。研究結果表明,miRNAs可能在南國梨冷藏過程中起著關鍵性的減香作用,為進一步研究miRNAs在果實低溫減香中的分子機制提供了有價值的信息。

研究思路:

 

分析結果:

 

 

1 差異表達的miRNA和目的基因LOX2SLOX1_5HPLADH1的網絡圖(紅色是靶基因,綠色是miRNAs


 

2a, b, c, d 利用RT-PCR技術分析南果梨差異表達miRNAs及其預測的靶基因;e 低溫對miRNAs和酯香氣的網絡作用

 

案例二:與熱應激相關的蛋雞血漿miRNAmRNA表達譜聯合分析


高溫是困擾全球畜牧業的最常見的環境壓力源之一。人們對miRNAs在蛋雞熱應激反應中的調節作用知之甚少。為了系統地鑒定產蛋雞熱應激反應的miRNAs及其靶標,比較了熱應激和常溫條件下差異表達的miRNAsmRNAs。研究結果為miRNAs對蛋雞熱應激誘導損傷的調節機制提供科學指導。


研究思路:

 

 

分析結果:

 

熱應激誘導的差異表達miRNA熱圖(紅色代表上調,藍色代表下調;H:熱應激條件下的蛋雞,C:常溫下的蛋雞)


 

差異表達基因的功能分析a GOb KEGG


 

3 a 整合miRNAmRNA數據以識別與熱應激相關的重疊基因的Venn圖;b qRT-PCR方法對熱應激雞和正常產蛋雞血漿中5個差異表達的miRNA進行分析;通過qRT-PCR分析從熱應激雞和正常產蛋雞血漿中選擇的miRNA的潛在靶標

 

參考文獻:

[1] Zhu L H, Liao R R, Wu N, et al. Integrating miRNA and mRNA expression profiles in plasma of laying hens associated with heat stress[J]. Molecular Biology Reports, 2019, 10.1007/s11033-019-04724-8.

[2] Shi F, Zhou X, Yao M M, et al. miRNAs play important roles in aroma weakening during the shelf life of ‘Nanguo’ pear after cold storage[J]. Food research international, 2019, 116: 942-952.

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